当前，我国的农业废弃物处置难度普遍较高。

        养殖场干清粪工艺普及率较低，清圈时用水量普遍较大，规模化养殖场少数采用垫圈材料等多方面因素，导致粪污含固率很低，不论使用厌氧还是好氧处置技术，单位运输体积的有机干物质含量均很低。再加之抗生素和杀菌剂等药剂的投入量较大都在一定程度上制约沼气的生产。

        在种植业方面，我国农作物以粮食和饲料为主，且暂未大力发展能源作物，因此可以利用的种植业废弃物主要是木质化程度极高、纤维素和半纤维素含量很高的秸秆类原料；再加之户均农业经营规模较小，导致在废弃物的收集和转运方面很少能投入大型专业机械设备，所以整体收储效率较低，很大程度上导致废弃物在田间地头堆放时发生霉变或者好氧放热，而损失生物质能量。